Während der dreieinhalbjährigen, brutalen Okkupation zeigte sich gleichwohl ein breiter und äußerst aktiver Widerstand. Der mit Abstand bedeutendste Widerstand formierte sich in der Nationalen Befreiungsfront (EAM), die am 27. September 1941 aus monatelangen Verhandlungen zwischen der Kommunistischen Partei Griechenlands (KKE) und drei weiteren kleinen Linksparteien hervorgegangen war.

Die EAM entwickelte sich schnell zur größten Widerstandsorganisation und damit zu einer ernstzunehmenden politischen Kraft im Land. Unterstützt wurde sie dabei durch richtungweisende Ziele, welche sie sich in ihrer Gründungscharta gegeben hatte. Diese bestanden aus der Befreiung des Landes, der Wiederherstellung der Souveränität und der Bildung einer Übergangsregierung nach Vertreibung der Besatzungsmächte. Ihre Aufgabe sollte es sein, freie Wahlen vorzubereiten, um das griechische Volk selbst über die von ihm gewünschte Regierungsform entscheiden zu lassen. Im Februar 1942 wurde als bewaffneter Arm der EAM die Griechische Volksbefreiungsarmee (ELAS) gegründet. Sie führte den Partisanenkrieg gegen das Besatzungsheer und seine Verbündeten.

Als zweitwichtigste Widerstandsgruppierung galt der Nationale Republikanische Griechische Verband EDES, der im September 1941 vom ehemaligen Oberst der griechischen Armee Napoleon Zervas gegründet wurde. Diese nationalen Einheiten griechischer Widerstandskämpfer, welche Zervas im Epirus-Gebirge und in Westgriechenland als bewaffneter Arm der Organisation bildete, erfuhren sowohl politische als auch materielle Unterstützung durch die Briten.

Im direkten Gegensatz zu anderen europäischen Staaten wurde der Widerstand in Griechenland nicht Teil des „Gründungsmythos“ und damit auch nicht Teil der nationalen Identität, da er fast ausschließlich mit der Linken identifiziert wurde. Erst mit Anerkennung der EAM als Widerstandsorganisation in den 80er Jahren erhielt dieser Teil der Geschichte Einzug in die nationale Erinnerungskultur.