Η Μαργαρίτα Μαρκοβίτη τελείωσε το διδακτορικό της δίπλωμα στις Ευρωπαϊκές Σπουδές στο London School of Economics υπό την επίβλεψη της Δρ. Jennifer Jackson-Preece και του Καθηγητή Maurice Fraser. Είναι κάτοχος ενός προπτυχιακού στην Ιστορία από το King’s College, Πανεπιστήμιο του Λονδίνου, ενός μεταπτυχιακού στις Ευρωπαϊκές Υποθέσεις από το Institut d’Etudes Politiques, Sciences Po στο Παρίσι και ενός MSc στις Ευρωπαϊκές Σπουδές, Ιδέες και Ταυτοτήτες από το LSE. Έχει διδάξει Ευρωπαϊκές σπουδές και συγκριτική πολιτική και φορείς στο Τμήμα Διακυβέρνησης του LSE. Έχει εργαστεί ως αξιολογήτρια σε επιστημονικά περιοδικά και ερευνητική βοηθός στο Τμήμα Διεθνών Σχέσεων, Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο και το LSE Enterprise. Τα ερευνητικά της ενδιαφέροντα περιλαμβάνουν τη θρησκεία και την εθνική ταυτότητα, εκπαιδευτικές πολιτικές και ευρωπαϊκή ολοκλήρωση, θρησκευτικές ελευθερίες και κοινωνική συνοχή υπό το φως του θρησκευτικού πλουραλισμού. Για την διατριβή της με τίτλο «Εκπαίδευση και η Ευρωπαϊκοποίηση των Θρησκευτικών Ελευθεριών: Γαλλία και Ελλάδα σε συγκριτική προοπτική» διεξήγαγε εκτεταμένη έρευνα και επιτόπια έρευνα στα πεδία των θρησκευτικών ελευθεριών και της εκπαίδευσης σε όλη την Ευρώπη.